É indicada para pacientes com alteração no PSA ou no toque retal, auxiliando na detecção, estadiamento loco-regional [processo que verifica a extensão da doença] ou avaliação de recorrência de uma neoplasia de próstata. Também se aplica em casos considerados de baixo risco sendo menos invasiva do que as biopsias anuais realizadas antigamente.
Outra indicação é que, assim como existe a classificação BIRADS [sistema de padronização dos laudos em imagem da mama], hoje há o termo PIRADS que, por meio da RM, consegue estratificar o risco de câncer de próstata. É também recomendada em quem tenha sido submetido à biópsia previamente, porém com resultado negativo, assim como para localizar um foco/área suspeita e guiar a biopsia prostática.