O que irá definir a escolha de procedimento são as características e necessidade de cada quadro clínico, conhecidos pelo médico solicitante. As vezes, a tomografia e a ressonância magnética são complementares e necessários. Em casos de dúvidas, o médico radiologista pode orientar qual o melhor procedimento para cada caso, além de decidir a necessidade e a possibilidade de uso do contraste.
A tomografia é um exame mais barato e com menor custo de execução. Além disso, ele é mais indicado à pessoas com claustrofobia, por ser mais prático e rápido de ser realizado, com um tubo mais aberto e fino. Em outros casos, a ressonância é o exame considerado mais seguro, por ser livre de radiação, pela melhor definição de estruturas com alto teor de água e, muitas vezes, sem a necessidade de contraste. Por fim, o contraste gadolínio tem potencial menos reativo para alergias do que o iodo.
Em ambos os exames, é necessário que o paciente tire qualquer objeto metálico, inclusive próteses. Ambos os procedimentos também dispensam preparação prévia, dieta alimentar especial ou internação, durando de 20 a 40 minutos. As mulheres devem informar o seu médico sobre uma possível gravidez e tanto homens quanto mulheres precisam relatar todos os medicamentos dos quais fazem uso.